In 1863 werden uit Indië naar Nederland verzonden eenige verzamelingen van archiefstukken, waarvan een groot gedeelte laatstelijk in Batavia was bewaard op de zolder der graan- en ijzerpakhuizen. Hoewel het oorspronkelijk de bedoeling was geweest, alleen het archief van de Nederlandsche factorij op Decima to c.1842 en het archief van de Kerkeraad der Nederlandsch Hervormde gemeente naar Batavia naar Nederland over te brengen, werden op last van de Gouverneur-Generaal daarenboven overgezonden 'al die oude documenten, welke in het archief ter Algemeene Secretarie aanwezig zijn en betrekking hebben op Formosa, China, Bengalen, Coromandel, Malabar, Ceylon, Perzië en Kaap de Goede Hoop"

R. Fruin, , blz. 219.

Bij de afbraak van het Kasteel te Batavia heeft men omstreeks 1810 de Archieven moeten verplaatsen. Bij die verplaatsing is vermoedelijk een groot aantal stukken verloren gegaan; een gedeelte werd echter overgebracht naar de graan- en ijzerpakhuizen, in de nabijheid vam het Kasteel gelegen.

J.A. van der Chijs, , blz. IV.

Gebrek aan ruimte in de lokalen van de Algemeene Secretarie maakte ten slotte, dat alles wat op de zolder der graan- en ijzerpakhuizen nog bruikbaar werd bevonden, tegelijk met het Archief van Decima naar het Algemeen Rijksarchief te 's-Gravenhage werd overgezonden.

J.A. van der Chijs, , blz. VI.

Als in 1888 de adjunct-archivaris Mr. J.E. Heeres de door de dood van Leupe gestaakte arbeid weer opneemt en de zending van 1862 aan een nieuw onderzoek onderwerpt, kan hij vele van die verspreid geraakte stukken weer aan de hand van bij de overdracht opgemaakte lijsten weer terecht brengen.

1893, blz. 8.

In 1893 wordt door Mr. Heeres een voorlopige beschrijving van de verschillende collecties beëindigd, terwijl in 1901 Dr. H.T. Colenbrander deze beschrijvingen aanvult, door de vondst van stukken in de Archieven der Kamers van de O.I.C., die echter deel hadden uitgemaakt van de zending uit Indië in 1863.

1901, blz. 9.

Daar Ceylon reeds in 1802 bij de Vrede van Amiens en de bezittingen op de kust van Malabar krachtens het Londensche tractaat van 13 Augustus 1824 aan Engeland waren gekomen, bestonden in 1824 deze etablissementen in Voor-Indië uit de factorijen in Bengalen, op de Kust van Coromandel en Madura en in Souratte. Tot het verrichten van de overgave van de gebieden in Voor-Indië benoemde de Hoge Regeering te Batavia 6 Februari 1825 drie commissarissen. De instructies voor elk dezer commissarissen hielden ten aanzien van de vergave der archieven de volgende bepaling in: "Hij is geautoriseerd van aan de Britsche gecommitteerden over te geven (voor de commissaris te Sadras is hier bijgevoegd: en op de onderscheiden kantoren te doen overgeven) alle archieven, plans en kaarten met al hetgeen tot de administratie behoort, met uitzondering echter van het Secreet Verbaal en archief, en van de zoodanige papieren als noodig zijn tot de verantwoordingen, alle welke stukken herwaarts zullen worden opgezonden". Zoowel in de uit Indië naar het Algemeen Rijksarchief overgezonden archivalia als in het Landarchief en de Britsch-Indische archieven komen mededeelingen voor, op welke wijze dit voorschrift is uitgevoerd. Een overzicht van de gegevens ontleend aan de naar 's-Gravenhage overgebrachte documenten geeft Mr. R. Bijlsma in "De aan Nederland gebleven bescheiden van de etablissementen in Voor-Indië (Nederlandsch Archievenblad no. 3/4, 1931-1932), een aanvulling op het gedrukte verslag van een onderzoek in 1929/1930 op last van de Gouverneur-Generaal ingesteld door prof. J. van Kan, getiteld: "Compagnies bescheiden en aanverwante archivalia in Britsch-Indië en op Ceylon", in welk verslag niet genoemd worden de instructie van februari 1825 en het voorschrift betreffende de overgave der archieven.

De archieven echter, waarover deze maatregelen getroffen werden, moeten maar een gedeelte uitgemaakt hebben van de documenten, die in 1795 bij de overdracht van de Nederlandsche bezittingen in Voor-Indië aan Engeland, in de Nederlandsche factorijen aanwezig waren. De teruggave van de Nederlandsche bezittingen in 1817-1818 werd deze archieven noodlottig. Want al berusten de archieven van Malabar en Ceylon nu ook onder de Engelsche autoriteiten, zij zijn toch in hoofdzaak behouden gebleven, terwijl de archieven van de gebieden door Nederland in 1817-1818 terug ontvangen voor een groot gedeelte verloren zijn gegaan. Niet alleen verwaarloozing, maar ook selselmatige vernietiging door de Engelschen hebben hiertoe medegewerkt.

Stelselmatige vernietiging, omdat het Engelsche bestuur er veel aan gelegen was dat de aanspraken die Nederland in 1817 en 1818 deed gelden, niet met bewijzen gestaafd konden worden. In "De Nederlandsche factorijen in Voor-Indië in den aanvang der 19e eeuw" (Bijdr. tot de Taal-, Land- en Volkenkunde van Ned. Indië, 1901) en in "Het Nederlandsch-Indisch bestuur in het midden van 1817" geeft P.H. van der Kemp uitvoerige bijzonderheden over de lijdensgeschiedenis van deze archieven. De daar medegedeelde feiten zijn voor een goed deel ontleend aan het Generaal Verslag van den Commissaris tot de overgave J.A. van Braam, in afschrift aanwezig in deze collectie Hoge Regeering Batavia (inv.nr. 286).

Van het archiefrestant der Nederlandsche Voor-Indische bezittingen, deel uitmakend van de collectie, in 1862 naar Nederland gezonden, is door dr. W.J.M. Buch in 1936 een inventaris vervaardigd. Zooals dr. Buch terecht in zijn inleiding tot dien inventaris opmerkt, was het soms moeilijk uit te maken, welke stukken tot het archief van de Hoge Regeering en welke tot de archieven van de voormalige Nederlandsche Voor-Indische bezittingen behoord hebben. Dr. Buch heeft zich bij dit onderzoek laten leiden wat Coromandel en Souratte betreft door lijst, opgemaakt bij de overdracht van deze bezittingen in 1825 aan de Engelschen en waarop de aan Nederland blijvende documenten vermeld worden, overigens beslisten de aard der stukken, benevens teekens en merken op de omslagen. Alleen die stukken waarvan het volstrekt zeker was dat zij tot de Voor-Indische archiefrestanten behoord hebben, zijn door dr. Buch in zijn inventaris opgenomen. Maar daardoor zijn er in de resteerende Collectie Hoge Regeering Batavia verschillende stukken waarvan het twijfelachtig is of zij werkelijk deel hebben uitgemaakt van het archief der Hoge Regeering.

Zoowel de archieven van de voormalige Nederlandsche bezittingen in Voor-Indië als de stukken Hoge Regeering Batavia zijn door P.H. van der Kemp geraadpleegd voor verschillende van zijn publicaties, t.w. De Nederlandsche factorijen in Voor-Indië in den aanvang der 19e eeuw (Bijdr. tot de Taal-, Land- en Volkenkunde van Ned.Indië. 1901); het Ned. Indisch bestuur in het midden van 1817. Den Haag 1915. (In het bijzonder hoofdstuk II, de overneming van de factorijen in Voor-Indië, krachtens besluit d.d. 28 Juni 1817, No. 1, blz. 169 e.v.); De jaren 1817-1825 der Nederlandsche factorijen in Hindostans Oostkust (Bijdr. Taal-, land- en Volkenkunde van Ned. Indië, 1918, afl. 1-2).

Voor het Algemeen Rijksarchief ontleent de collectie Hoge Regeering Batavia in het bijzonder haar belang aan de stukken uit het begin der 19e eeuw, al geven verschillende documenten uit de 18e eeuw een aanvulling op hetgeen zich in de overgekomen papieren van het Archief der Kamer Amsterdam van de O.I.C. bevindt.

In 2001-2002 is de inventaris gedeeltelijk herzien door dr. M. de Lannoy en drs. J.H. de Vries. Bij deze bewerking zijn de beschrijvingen van een aantal inventarisnummers gecorrigeerd en zijn enkele series gereconstrueerd die in de inventaris van mw. Roelofsz hun oorspronkelijke samenhang hadden verloren. Verder is een rubrieksindeling aan de inventaris toegevoegd. Tenslotte is de geografische indeling (de hoofdrubrieken) in alfabetische volgorde gezet ten einde beter aan te sluiten bij het archief dat in Jakarta berust. In afwachting van een definitieve herinventarisering is de nummering van de inventaris van mw. Roelofsz gehandhaafd.