Het Uitvoerend Bewind slaagde er niet in om de vele door de Staatsregeling van 1798 vereiste hervormingen te realiseren. Het bestuur bleek te gecentraliseerd om de staatsmachinerie soepel te laten werken. Het Vertegenwoordigend Lichaam putte zich uit in politieke debatten en rivaliteiten. Toch werd er niet verlangd naar een terugkeer van het oude regime, zoals bleek uit het ontbreken van binnenlandse steun bij de mislukte Russisch-Engelse inval in 1799. Intern had men geen gevaar te duchten.

Van Franse zijde echter werd wel druk uitgeoefend op de politieke ontwikkelingen in de Bataafse Republiek. De grondwet van 1798 bepaalde dat er voor 1804 geen veranderingen in de staatsregeling mochten worden aangebracht. Toch werd er door het Franse bewind al in 1801 druk uitgeoefend om te komen tot een andere bestuursvorm, omdat de Eerste Consul, Napoleon Bonaparte, van mening was dat de Bataafse steun ontoereikend was. Nadat het Vertegenwoordigend Lichaam het voorstel had verworpen om de grondwet twee jaar eerder te herzien, werd er met Franse steun op 14 september 1801, buiten de volksvertegenwoordiging om, een nieuwe, autocratische staatsregeling geproclameerd. Het volk werd uitgenodigd zich hierover op 1 oktober in de grondvergaderingen uit te spreken. Door de massaal weggebleven kiezers als voorstander aan te merken, werd de verkiezingsuitslag (van 16.771 stemmen voor en 52.219 stemmen tegen) omgebogen in een aanvaarding van de nieuwe staatsregeling. Volgens deze regeling zou de macht worden toevertrouwd aan een Staatsbewind en een Wetgevend Lichaam.

De staatsgreep van 1801 en de daarop volgende reorganisaties maakten veel van de vernieuwingen van de voorgaande jaren ongedaan. Het moeizaam begonnen democratische experiment werd vervangen door een autocratisch bestuur met een behoudend beleid. Op 16 oktober 1801 werd het Staatsbewind geïnstalleerd. Dit college van twaalf leden werd belast met de uitvoerende macht, maar tevens werden de belangrijkste bevoegdheden van het voormalig Vertegenwoordigend Lichaam naar deze 'twaalf stadhouders' overgeheveld. Zo ging op dit college het recht van initiatief over en kreeg het de zeggenschap over leger en vloot. Ook benoemde het in eerste instantie de leden van het Wetgevend Lichaam, de opvolger van het Vertegenwoordigend Lichaam.

Het Wetgevend Lichaam bestond uit nog maar één Kamer van vijfendertig leden, waarvan slechts twaalf van te voren aangewezen leden de door het Staatsbewind ingediende wetsvoorstellen mochten bediscussiëren, waarna het voltallige Wetgevend Lichaam het wetsvoorstel kon aannemen of verwerpen. Bovendien mochten zij slechts tweemaal per jaar, gedurende zes of acht weken, zitting houden

Van 15 april tot 1 juni en van 15 oktober tot 15 december, Art. 54 Staatsregeling 1801.

Met de samenballing van alle macht in één college werd een nieuw principe geïntroduceerd: het autoriteitsprincipe. Ook het censuskiesrecht deed zijn intrede. Vele voormalige regenten keerden terug op de bestuurskussens en beijverden zich om de gewestelijke en plaatselijke autonomie zo ver mogelijk te herwinnen en te verdedigen.

Toch lag in de terugkeer van de gewestelijke en stedelijke autonomie tevens de onmacht van het Staatsbewind besloten. Het miste de daadkracht om de tegenstribbelende gewesten en steden te beteugelen. Na de hervatting van de oorlog met Engeland in 1803 achtte Napoleon het voortbestaan van dit bewind niet langer opportuun. Toen hij zich in mei 1804 tot keizer had gekroond, zette hij het Staatsbewind onder steeds grotere druk en besloot ten slotte, in april 1805, tot de instelling van een eenhoofdige leiding in de vorm van het raadpensionarisschap.

Voor de vorm werd deze staatsregeling, waarbij de verkiezing van Rutger Jan Schimmelpenninck tot raadpensionaris was inbegrepen, nog door een volksstemming bekrachtigd. De uitslag was tekenend voor de betrokkenheid van de kiezers. Van de ruim 350.000 kiezers stemden er 14.093 voor en 136 tegen.