Na de bevrijding van het Zuiden van Nederland in het najaar van 1944 werd onmiddellijk een aanvang gemaakt met de werving van vrijwilligers voor de Koninklijke Marine en de zogenoemde Expeditionaire Macht. Deze oorlogsvrijwilligers (OVW'ers) werden in Groot-Brittannië opgeleid voor de oorlogvoering in het Verre Oosten. Nog voor evenwel het eerste troepenschip naar de Pacific was vertrokken, capituleerde Japan op 15 augustus 1945. Daarmee kwam een onverwacht snel einde aan de oorlog in Azië. De uitroeping van de Republik Indonesia, twee dagen na de Japanse capitulatie, haalde nochtans een streep door de Nederlandse plannen het koloniale gezag te herstellen. In de meeste Buitengewesten werd dit doel snel bereikt, maar op Java en Sumatra had de Indonesische Republiek op enkele geallieerde bruggehoofden na het feitelijk voor het zeggen. Uit vrees dat er gevechten zouden uitbreken tussen beide partijen, beperkte het Britse geallieerde opperbevel aanvankelijk de toegang tot Java tot een kleine groep Nederlandse regeringsvertegenwoordigers en stafleden van de krijgsmacht. De regering werd gedwongen een dekolonisatiekoers te varen. Onder druk van de Britten die hun vertrek met een politiek succes wilden omlijsten, werd op 15 november 1946 het Nederlands-Republikeinse akkoord van Linggadjati gesloten. Deze overeenkomst werd al spoedig ondermijnd door groeiend wederzijds wantrouwen. Op 21 juli 1947 begon Nederland zijn eerste politiële actie die door toedoen van de Verenigde Naties (VN) op 5 augustus werd gestaakt. In het onder Amerikaanse pressie gesloten Renville-akkoord (17 januari 1948) aanvaardden de strijdende partijen de diensten van de VN. Ook deze overeenkomst bood geen oplossing. Om de Nederlandse belangen in een semi-onafhankelijk Indonesië veilig te stellen, werd in december 1948 een tweede politiële actie ingezet. Ondanks militaire successen (de Republikeinse verzetshaard Djokjakarta werd bezet en vrijwel de gehele Republikeinse regering gevangengenomen), bleek de actie in politiek opzicht een mislukking. De actie leidde tot een pro-Republikeinse stellingname van de internationale gemeenschap. Op 27 december 1949 droeg Nederland noodgedwongen de soevereiniteit over aan de Republiek der Verenigde Staten van Indonesië.

Naast de Koninklijke Landmacht en het Koninklijk Nederlandsch-Indische Leger (KNIL) speelde de Koninklijke Marine slechts een bescheiden rol in de strijd voor gezagsherstel in Indië. Toch was zelfs die beperkte taak de marineleiding in Den Haag een blok aan het been. Inzet van personeel en materieel in de Indische archipel doorkruiste namelijk de uitvoering van de ambitieuze vlootplannen die tijdens de Tweede Wereldoorlog in Londen waren voorbereid. Het zogenaamde drie-smaldelenplan concentreerde zich op een wereldwijde taak op het gebied van handelsbescherming. Deelname aan de defensie van een beperkt geografisch gebied paste niet in deze strategie. Bovendien drukten de kosten gemaakt voor de aanschaf van veel klein materieel voor de dienst in Indië te zwaar op de begroting. In Haagse marinekringen wilde men daarom zo snel mogelijk van de Indische taak worden ontheven. De minister van Marine koos steevast een harde opstelling en hamerde op een snelle vernietiging van de Indonesische Republiek.

De commandant der Zeemacht in Nederlands-Indië (CZMNI), belast met de dagelijkse leiding voor het maritieme gezagsherstel, voelde zich echter nauw met Indië verbonden. Vice-admiraal A.S. Pinke, commandant Zeemacht van februari 1946 tot oktober 1949, had andere ideeën over de organisatorische en strategische banden tussen de Koninklijke Marine en Indië dan zijn superieuren in Den Haag. In tegenstelling tot de minister van Marine en de bevelhebber der Zeestrijdkrachten (BDZ), de hoogste officier in de marineorganisatie, zag Pinke ook op de langere termijn een taak weggelegd voor de marine in de Indische archipel. Volgens hem zou de marine na de soevereiniteitsoverdracht steunpunten en bases in de archipel moeten behouden. Dit afwijkend standpunt bracht Pinke bij zijn taakuitoefening voortdurend "in de knel" tussen de Indische overheid en de marineleiding in Nederland.

Tijdens de Tweede Wereldoorlog ressorteerden de Nederlandse strijdkrachten in het Verre Oosten onder de bevelhebber der Strijdkrachten in het Oosten (BSO) vice-admiraal C.E.L. Helfrich, de laatste vooroorlogse commandant Zeemacht in Nederlands-Indië. Zijn hoofdkwartier was gevestigd te Colombo op Ceylon. De BSO had geen operationele, maar slechts een administratieve taak, gericht op de materieels- en personeelsvoorziening. De Nederlandse (zee)strijdkrachten opereerden namelijk rechtstreeks onder de geallieerde bevelhebbers. Als BSO stond Helfrich daarom niet onder bevel van de Indische landvoogd, die traditioneel het opperbevel over de krijgsmacht in de Indische archipel voerde. De Nederlands-Indische regering was tijdens de oorlog in Brisbane gevestigd en stond onder leiding van luitenant-gouverneur-generaal H.J. van Mook.

Daags na de Japanse capitulatie werd in een nieuwe instructie de zelfstandige positie van de BSO aan banden gelegd. Tot zijn grote ergernis zou Helfrich zich voortaan moeten onderwerpen aan het oppergezag (dus niet het opperbevel) van de landvoogd en diens aanwijzingen moeten opvolgen. Zolang de Nederlandse krijgsmacht nog onder geallieerd opperbevel stond, was deze instructie weliswaar slechts een papieren maatregel, maar het was duidelijk dat de Raad voor Oorlogvoering van het Koninkrijk (een soort kernkabinet) en de minister van Overzeese Gebiedsdelen in het bijzonder, terug wilden naar de vooroorlogse machtsverhoudingen.

Voorlopig moesten de Nederlandse autoriteiten zich echter conformeren aan de wensen van de Britse opperbevelhebber in South East Asia, Lord admiral Louis Mountbatten. Op de dag van de Japanse capitulatie was Nederlands-Indië nog overgeheveld van het Amerikaanse bevelsgebied naar het Britse South East Asia Command. De Britten hadden evenwel te weinig parate troepen om het land direct te bezetten. De eerste Britten kwamen pas 29 september op Java aan. Helfrich had toen reeds het marinehoofdkwartier te Colombo verlaten en was met zijn hele staf per m.s. Plancius eveneens naar Java vertrokken. Op 2 oktober 1945 meerden zij af te Tandjong Priok, de haven van Batavia. Vanaf de Plancius werden de eerste maatregelen getroffen tot wederopbouw van de vloot. Daartoe benoemde Helfrich op 9 oktober schout-bij-nacht P. Koenraad, zojuist van het marinecommando in Australië ontheven, tot waarnemend commandant Zeemacht in Nederlands-Indië. Koenraad betrok het oud-kantoor van het departement van Marine op de Goenoeng Sahari. Helfrich zelf vestigde zijn hoofdkwartier in de Volkskredietbank aan het Koningsplein. Overigens was hij ondertussen bevorderd tot luitenant-admiraal en benoemd tot bevelhebber der Zeestrijdkrachten als opvolger van J.Th. Furstner. Hij wilde echter in Indië blijven tot de komst van de nieuwe commandant Zeemacht. Op voorspraak van Helfrich werd in deze functie coming officer Albertus Samuel Pinke benoemd. Op 25 januari 1946 nam Pinke officieel de taken van CZMNI op zich. Bij koninklijk besluit van 16 februari 1946 werd Helfrich ontheven van het ambt van BSO. De functie zelf bleef bestaan, maar werd niet ingevuld.

Volgens de instructies voor "den commandant der Zeemacht in Nederlandsch Indië" van 1 februari en 22 mei 1946 voerde Pinke het bevel over het personeel en materieel van de Koninklijke Marine in het Verre Oosten. Ook de logistieke ondersteuningspunten in Australië (marinecommandement Australië (MCA)) en Colombo (MCC)) lagen binnen zijn ressort. Voorts diende Pinke zo spoedig mogelijk de voor de dienst in Indië bestemde Mariniersbrigade te vormen en onder operationeel bevel van de Nederlandse bevelhebber van de aldaar aanwezige Nederlandse landstrijdkrachten te stellen. De CZMNI trad op als adviseur van de luitenant-gouverneur-generaal en was gehouden diens aanwijzingen op te volgen. Voor administratieve zaken diende Pinke zich te wenden tot het hoofd van de Admiraliteitsdiensten, een nieuw ingestelde functie op het departement van Marine te Batavia. In militaire lijn was de commandant Zeemacht verantwoording verschuldigd aan de bevelhebber der Zeestrijdkrachten te Den Haag. Zolang de Britten het in Indië voor het zeggen hadden, was Pinke, evenals legercommandant luitenant-generaal L.H. van Oyen en diens opvolger S.H. Spoor, onder het bevel van de Commander in Chief Allied Forces Netherlands Indies (CinC AFNEI) geplaatst.

Een definitieve regeling over de relatie tussen de landvoogd en de CZMNI liet lang op zich wachten. Pas na het vertrek van de Britten op 1 december 1946 werden de Indische bevelsverhoudingen opnieuw bezien. Bij zijn ambtsaanvaarding als CZMNI was Pinke met opzet niet tevens benoemd tot hoofd van het departement van Marine te Batavia. Minister van Marine J.M. de Booy had met deze traditie gebroken omdat hij de commandant Zeemacht zo snel mogelijk uit Nederlands-Indië wilde `losweken'. In de praktijk werd de CZMNI echter dagelijks met Indische beleidszaken geconfronteerd en werd zijn lidmaatschap van de Indische regering node gemist. De commandant Zeemacht moest immers zijn maritiem beleid verantwoorden tegenover de luitenant-gouverneur-generaal, de vertegenwoordiger van de regering van het koninkrijk in Indië. De nieuwe minister van Marine J.J.A. Schagen van Leeuwen besloot de CZMNI na het vertrek van de Britten alsnog tot hoofd van het departement van Marine te benoemen. De functie van hoofd Admiraliteitsdiensten (die tot dan toe het departement bestierde) werd gekoppeld aan die van de ondercommandant Zeemacht. Zo was een half jaar na het vertrek van de Britten de vooroorlogse situatie hersteld.

Aan taak en functie van de CZMNI werd de daaropvolgende jaren niet meer getornd. Na de grondwetswijziging van 3 september 1948 kreeg Pinke nog wel een nieuwe titel. De officiële naamswijziging van Nederlands-Indië in Indonesië noopte hiertoe. Voortaan ondertekende Pinke zijn brieven als commandant der Zeemacht in het Oosten (CZMO). Met ingang van 1 oktober 1949 trad schout-bij-nacht F.J. Kist aan als zijn opvolger. Enkele maanden later vond de soevereiniteitsoverdracht over Indonesië plaats. Voor de laatste maal werd de benaming van de Indische vlootvoogd gewijzigd. Taak en functie van de CZMO werden overgenomen door de vlagofficier der Koninklijke Marine in Indonesië (VKMI). Conform de instructie van 5 mei 1950 was de tot vice-admiraal bevorderde Kist de hoogste autoriteit van de Koninklijke Marine in Indonesië met standplaats Djakarta. Hij stond rechtstreeks onder de minister van Marine behoudens strategisch-operationele zaken, oefening van personeel en materieel waarvoor hij verantwoording was verschuldigd aan de BDZ. De VKMI was de hoogste adviseur van de Hoge Commissaris van het Koninkrijk der Nederlanden in Indonesië in maritieme aangelegenheden. Tenslotte voerde Kist het bevel over het personeel en onderdelen der Koninklijke Marine in zijn bevelsgebied.

De functie van VKMI werd per 1 januari 1951 opgeheven. Conform de afspraken van de Ronde-Tafelconferentie in de herfst van 1949, assisteerde een Militaire Missie tot 1954 bij de opbouw van de Angkatan Laoet Republik Indonesia (ALRI - de Indonesische marine) en de opleiding van het kaderpersoneel. De marinebases en ruim vijf en dertig grotere en kleinere oorlogsschepen, voornamelijk patrouillevaartuigen, werden door de ALRI overgenomen.

In de eerste chaotische maanden na de Japanse overgave was de marineorganisatie in de Indische archipel opgebouwd uit een centraal commandement in Batavia en een aantal zogenoemde port parties en/of OAZ-schappen. De port parties assisteerden bij het herstel van havens en havenorganisaties. Zij ruimden puin en maakten de havenmondingen mijnenvrij om de scheepvaart een onbelemmerde doorgang te waarborgen. De port parties stonden onder leiding van een Oudst Aanwezend Zeeofficier (OAZ). De eerste OAZ-schappen (toen nog onder de naam Naval Officers in Charge (NOIC's) en Marine Liaison Officers (MLO's)) werden opgericht in de Grote Oost, zoals Tarakan, Balikpapan, Makassar en Menado. Zij waren toegevoegd aan personeel van de Netherlands Indies Civil Administration (NICA), maar bleven onder bevel van de MCA. Als plaatselijke marinecommandant trad de OAZ tevens op als havenmeester en was hij belast met scheepvaartbeheer in de breedste zin des woords. Na gedane arbeid maakte hij plaats voor de reguliere civiele instanties. Spoedig werden naast de reeds bestaande OAZ-schappen enkele maritieme commandanten benoemd. Zo werd op 15 februari 1946 het Maritiem Commando Grote Oost (MTCGO) ingesteld. Een maand later volgde de oprichting van het Maritiem Commando Soerabaja (MTCS; Oost-Java, eilanden Madoera, Bali en Lombok, straat Madoera). Soerabaja was de belangrijkste post, zeker nadat het marine-etablissement en het vliegkamp Morokrembang weer in bedrijf waren gesteld. In de Buitengewesten werd de Maritiem Commandant in de loop van 1946 belast met het bevel over de regionale patrouilledienst.

In de daaropvolgende jaren werden uit financiële overwegingen de operationele marinetaken en marinevoorzieningen steeds meer geconcentreerd in Soerabaja. De OAZ-schappen en commandementen bonden te veel personeel aan de wal. Op aandringen van Den Haag werden indien mogelijk nog meer taken afgestoten aan civiele instanties. Op 27 februari 1947 werd de Dienst van Scheepvaart ondergebracht bij een zelfstandig departement van Scheepvaart, belast met havenbeheer, loodswezen, scheepvaartinspectie, hydrografie, betonning, bebakening en kustverlichting. Toen na de eerste politiële actie een oplossing van de Indonesische kwestie in zicht leek te komen, volgden drastische inkrimpingsmaatregelen. Op 15 augustus 1947 werd bijvoorbeeld het commandement in Australië opgeheven. In januari 1948 volgde een grondige reorganisatie en verkleining van de Mariniersbrigade. De patrouilledienst, in Pinke's ogen de kerntaak van de marine in de archipel maar volgens Den Haag niet veel meer dan een zeepolitie, wist de commandant Zeemacht voor de vloot te behouden.

Na bijna vijf jaar strijd verloor Nederland eind 1949 haar belangrijkste kolonie. Die strijd was primair een taak van de landstrijdkrachten. Toch diende in 1947 bijna de helft van het totale marinepersoneel in Nederlands-Indië. Begin maart van dat jaar bestond de vloot in Indië uit vier torpedobootjagers, acht mijnenvegers met een moederschip, acht korvetten, een zevental landingsvaartuigen en ruim dertig patrouillevaartuigen. Op deze vloot waren 2.200 officieren en manschappen werkzaam, terwijl de walinrichtingen bij elkaar 3.270 marinemensen, waaronder tweehonderd vrouwen, opeisten. De Marineluchtvaartdienst (MLD) telde bijna 1.100 man in Indië en ruim tweehonderd in Australië. Bij deze krap 6.800 kwam dan formeel de Mariniersbrigade (7.000), die echter operationeel onder legerbevel stond. In totaal vertoefden zo'n 14.000 officieren, schepelingen en marva's in de Indische archipel, terwijl bij de gehele marineorganisatie in 1947 het recordaantal militair personeel van 32.000 diende. Ter vergelijking: onder legercommandant Spoor dienden ver boven de honderdduizend militairen.

Vice-admiraal Pinke had deze vloot van klein materieel en transport-en verkenningsvliegtuigen in ruim een jaar tijd opgebouwd. Eind december 1945 waren in Nederlands-Indië nog slechts aanwezig de lichte kruisers Hr.Ms. Jacob van Heemskerk en Hr.Ms. Tromp, de torpedobootjagers Hr.Ms. Van Galen, Piet Hein en Kortenaer, het artillerie-instructieschip Hr.Ms. Van Kinsbergen, de mijnenlegger Hr.Ms. Willem van der Zaan, de mijnenveger Hr.Ms. Abraham Crijnssen en zes onderzeeboten. Voor de patrouilledienst waren deze schepen ongeschikt. Daartoe werd de vloot versterkt met acht korvetten uit Australië. Van de Royal Navy ontving de Koninklijke Marine eind 1945 zes Landing Craft Tanks (LCT's) in bruikleen voor dienst in de archipel. Overig oud-materieel van de geallieerden dat door de Koninklijke Marine werd overgenomen, waren twaalf Landing Craft Materials (LCM's) en achttien Harbour Defence Motor Launches (HDML's). Een belangrijke aanwinst vormden de vijftien Higginsboten die in de loop van 1947 van het departement van Scheepvaart werden overgenomen. Op 11 oktober 1946 arriveerde het vliegkampschip Hr.Ms. Karel Doorman in Indische wateren voor vlagvertoon. Hierop waren vijtien Fireflies geëmbarkeerd (Squadron 860) ter versterking van de vliegende vloot van Catalina's en Dakota's van de MLD.

De eerste maanden na de Japanse capitulatie werden de beperkt beschikbare maritieme middelen her en der ingezet voor vlagvertoon, mijnenvegen, vervoer van NICA- en missiepersoneel, van geallieerde troepen en van Japanse repatrianten, ter ondersteuning van landingsdivisies en ter bevrijding van geïnterneerde personen. Herstel van zwaar gehavende marine-etablissementen en uitbreiding van het krappe personeelsbestand genoten Pinke's prioriteit. Binnen enkele maanden dienden oorlogsveteranen, dienstplichtigen, oorlogsvrijwilligers, ex-krijgsgevangenen en jonge beroepsmilitairen naast elkaar. Het operatiegebied concentreerde zich in het begin in de Grote Oost waar de Australiërs, in tegenstelling tot de Britten op Java, de inzet van Nederlandse strijdkrachten toelieten. Van een duidelijke taakomschrijving kon nog geen sprake zijn. Pas toen de marine in het najaar van 1946 een redelijke controle over de Indische wateren had verworven, namen de geregelde marinediensten een aanvang.

In een nota van februari 1947 analyseerde de Marinestaf in Den Haag de werkzaamheden van de vloot in Indië als volgt. De Koninklijke Marine was ten eerste actief in de bestrijding van infiltratie in de onder Nederlands gezag staande gebieden. Zij diende ter bescherming van de veilige vaart ter zee en trad dus op tegen zeeroof, beschietingen vanaf de wal en elk bewapend Republikeins schip. Overige taken waren bestrijding van de invoer van wapens en militaire goederen; steunverlening aan het leger en bescherming van de economische belangen door controle op verboden in-, uit- en vervoer over zee. Hiertoe was aan de vloot van de Koninklijke Marine controle van alle schepen of vaartuigen in de territoriale wateren toegestaan, alsmede onderzoek naar de vlag van alle schepen in open zee.

Het tegengaan van infiltraties over zee en de bestrijding van smokkel in wapens en ondernemingsproducten vereisten een geregelde en intensieve patrouillevaart. De patrouilledienst werd onderhouden met dertigtal, soms zeer kleine schepen onder commando van jeugdige marineofficieren die zware verantwoordelijkheden droegen. Tot in 1947 oefenden zij hun taak uit zonder duidelijke richtlijnen. Pas toen werd een wettelijk kader geschapen waarop de marine zich bij het patrouilleren kon baseren.

Assistentie bij grootscheepse landingen vormde een onderbreking van de routinematige kustbewaking en smokkelbestrijding. Tijdens de eerste politiële actie in de zomer van 1947 waren torpedobootjagers, korvetten, mijnenvegers en landingsvaartuigen actief ter ondersteuning van de landmacht. De MLD voerde transport- en luchtverkennings-vluchten uit, gaf luchtsteun aan de grondtroepen en ondersteunde amfibische operaties. Zo wist de Mariniersbrigade in korte tijd de oosthoek van Java te bezetten. Ook bij de tweede politiële actie in december 1948 verrichtte de Koninklijke Marine in hoofdzaak taken ten dienste van landingsoperaties en verzorgde luchttransporten.

Na de soevereiniteitsoverdracht was de Nederlandse militaire rol in het Verre Oosten, met uitzondering van Nieuw-Guinea, uitgespeeld.

De Koninklijke Marine waarvan de hoofdtaak zo lang in dit gebied had gelegen, vertrok met stille trom. Haar wachtten nieuwe taken in bondgenootschappelijk verband.