In november 1902 roept de Nationale Federatie van Transportarbeiders op tot het volgende: na 1 januari 1903 wordt alleen gewerkt met georganiseerde arbeiders. Op 9 januari 1903 draagt het Blaauw-hoedenveem te Amsterdam echter twee ongeorganiseerde arbeiders op om bij de firma Müller en Co. goederen in ontvangst te nemen. De bootwerkers bij Müller en Co., gehoor gevend aan de oproep van de Federatie, weigeren de goederen af te geven. Dit betekent ontslag. Onder de bootwerkers breekt dan een staking uit, waarop de spoorwegarbeiders zich solidair verklaren en weigeren wagens naar de "besmet" verklaarde terreinen te rijden. De Hollandsche Spoorweg Maatschappij, zich beroepend op de wet, schorst hierop de niet-werkwilligen. De vakverenigingen stellen vervolgens de eis dat de stakers weer in dienst worden genomen, dat de gestaakte dagen normaal doorbetaald worden en dat de vakverenigingen erkend worden. De maatschappij gaat hier niet op in en de strijd gaat beginnen.

Op 30 januari gelast de Nederlandsche Vereeniging van Spoor- en Tramwegpersoneel een staking in geheel Amsterdam, zodat op 31 januari het gehele verkeer aldaar stil ligt. Na Amsterdam volgen Haarlem, Rotterdam en Den Haag en ook op andere stations houdt men zich gereed het werk neer te leggen. De H.S.M. zoekt steun bij de regering, maar deze wenst zich niet in het conflict te mengen, zodat de maatschappij zich gedwongen ziet toe te geven. Op 31 januari, dezelfde avond al, capituleert zij voor de stakers. In "Het Volk" van 8 februari verschijnt dan de bekende prent van Hahn: "Gansch het raderwerk staat stil, als uw machtige arm het wil".

Hiermede blijkt de zaak nog niet ten einde. Het kabinet Kuijper zag in, mede door de felle kritiek in de pers, dat het met deze zaak zijn gezag verloor en dat dergelijke acties niet weer mochten voorkomen. Op 25 februari legt Kuijper een verklaring af in de Tweede Kamer: "...wat hier plaats greep, was een onbezonnen aanslag op den hoofdfactor voor de levensbeweging der maatschappij; een onduldbare belemmering, der Overheid aangedaan in de uitoefening van haar functiën; een opofferen van de welvaart van een heel volk aan zucht naar klasseinvloed; een machtsmiddel, nu reeds geschikt gekeurd voor oefening van politieke dwingelandij".

Tegen dit gevaar ziet Kuijper een drietal mogelijkheden: er moet een spoorwegbrigade komen, die bij staking de dienst gaande kan houden; er moet een aanvulling op het Wetboek van Strafrecht komen met strafbepalingen tegen de inbreuk op de vrijheid van arbeid en tegen stakingen; er moet een commissie komen, die onderzoekt welke grieven van het spoorwegpersoneel rechtmatig zijn.

Bij Koninklijk Besluit van 11 april 1903, S. 103, wordt ingesteld de Staatscommissie van Enquête omtrent het Spoorwegpersoneel. In de commissie hebben zitting mr. J.D. Veegen ( de latere minister van Landbouw, Nijverheid en Handel), als voorzitter, dr. A.M.A.J. Ariëns, jhr. mr. S. Laman Trip, mr. W.L.P.A. Molengraaff en A.S. Talma. In 1904 komt de commissie met haar verslag, zodat de onderhandelingen tussen de regering en de spoorwegdirecties kunnen beginnen. Deze onderhandelingen leiden tot het Reglement Dienstvoorwaarden 1905. Ingevolge dit reglement worden ondermeer groepsvertegenwoordigers ingesteld, wordt een beroep op een scheidsgerecht bij disciplinaire straffen mogelijk gemaakt, wordt het ontslag beter geregeld en worden ook de lonen, zij het met mate, beter geregeld.