Isaac Dignus Fransen van de Putte werd op 22 maart 1822 te Goes geboren als zoon van Johannes en Digna Johanna Luyten. Zijn vader had te Goes een administratie- en bankkantoor en was van 1859 tot 1875 lid van de Eerste Kamer. Na een niet voltooide opleiding tot adelborst aan het Instituut voor de Marine te Medemblik vond Isaac Dignus van 1838 tot 1848 emplooi in de koopvaardij, in welke periode hij talrijke reizen naar Indië maakte. In 1849 vestigde hij zich op Oost-Java als administrateur van de suikerfabriek Pandji, eigendom van Mr. J.H. Cremers en Mr. J. Loudon, advocaten te Batavia. De agent van de Javasche Bank te Soerabaja, F.G. Gevers, fungeerde als gemachtigde tegenover Van de Putte.

Per 1 januari 1854 werd hij voor een vierde gedeelte eigenaar van Pandji en precies drie jaar later verwierf hij het volledige eigendom van de fabriek. Inmiddels was de aanvankelijk niet bijster florerende onderneming omgevormd tot een zeer rendabele zaak, rendabel niet in het minst voor het Gouvernement, dat in de jaren rond 1856 circa 140.000 gulden per jaar aan Pandji moet hebben verdiend. Daarom streefde Van de Putte naar de vrije beschikking over een groter gedeelte van de productie dan tot dusver. In december 1856 gelukte het hem een dergelijke herziening in het contract met het Gouvernement tot stand te brengen: twee en een half jaar later was hij definitief "binnen".

Met name dankzij eigen langdurige ervaring als ondernemer was Fransen van de Putte voorstander geworden van meer vrijheid voor het particuliere initiatief in Indië en tegenstander van het Cultuurstelsel, waar dit overheidsdwang en niet zelden willekeur betekende. Reeds in Indië schreef hij enkele artikelen over deze materie en terug in Holland publiceerde hij eind 1859 zijn brochure "De regeling en uitbesteding van suikercontracten op Java". Ook Thorbecke kreeg een presentexemplaar toegestuurd, want de nu 39-jarige Van de Putte had politieke ambities. In februari 1862 werd hij lid van de Tweede Kamer, waar hij als specialist in Indische kwesties de aandacht trok.

Op 2 februari 1863 volgde hij Uhlenbeck op als minister van Koloniën in het tweede kabinet Thorbecke. Onder dit ministerschap komen onder meer tot stand: de Komptabiliteitswet van 1864, die de jaarlijkse vaststelling van de Indische begroting bij wet voorschreef en de Tariefwet van 1865, die een overgang betekende naar een volledige afschaffing van het stelsel van differentiële rechten. Voorts werden concessies verleend tot aanleg van spoorwegen op Java en werd de gedwongen teelt van een groot aantal gewassen verminderd.

Begin 1866 kwam het tot het bekende conflict met Thorbecke over de wijze van vaststelling van een strafwetboek voor Nederlands-Indië, dat leidde tot het ontslag van het ministerie van Thorbecke. Het door Fransen van de Putte gereorganiseerde kabinet (februari 1866) was geen lang bestaan gegund: het trad op 30 mei van hetzelfde jaar af, toen de Tweede Kamer onwillig bleek Van de Putte's ontwerp van een Cultuurwet voor Nederlands-Indië in hoofdzaken ongewijzigd te laten. Met name de artikelen, die de inlandse bevolking het eigendomsrecht van de grond wilden verschaffen, ondervonden bij de meerderheid van de Kamer grote bezwaren. Een ander punt uit dit wetsontwerp, zoals de geleidelijke afschaffing van vrijwel alle gedwongen kultures, kwam echter tot stand onder zijn opvolger De Waal, wiens Agrarische Wet van 1870 voor particuliere ondernemers in Indië de mogelijkheid opende woeste gronden in erfpacht te verkrijgen.

Toen Fransen van de Putte - sinds 1866 weer lid van de Tweede Kamer - op 6 juli 1872 opnieuw minister van Koloniën werd in het kabinet De Vries, waren de meest brandende kwesties van de koloniale politiek dan ook opgelost. Al spoedig deed zich echter een nieuw probleem voor: de strijd in Atjeh, die niet zonder tegenslagen verliep, ondanks de destijds uitbundig gevierde inname van de kraton te Kota Radja door generaal Van Swieten (begin 1874). Van de Putte heeft aan deze oorlog nooit het karakter van een veroveringsoorlog willen geven. Nog in 1886 achtte hij, blijkens het voorwoord van zijn in dat jaar verschenen "Parlementaire redevoeringen over Atjeh" de herstelling van het sultanaat Atjeh onder Nederlandse soevereiniteit "de beste solutie van het Atjehsche vraagstuk". De politiek van consolidatie was toen al jarenlang een zeer controversieel punt geworden.

Van 18 december 1873 tot 6 mei 1874 was Fransen van de Putte tevens minister van Marine. Op 27 augustus kwam aan zijn ministerschap een einde. Reeds de 18de november van dat jaar had hij weer zitting in de Tweede Kamer, waarvan Fransen van de Putte tot aan zijn overlijden te 's-Gravenhage op 3 maart 1902 lid is geweest.

Isaac Dignus Fransen van de Putte is op 28 maart 1850 getrouwd met Lucia Henriëtte Cornets de Groot, geboren te Soerabaja op 28 april 1831 als dochter van Johan Hora en Bregitta Constance Henriette Borwater, en overleden te Zeist op 31 mei 1904. Zij hadden drie dochters en een zoon. Digna Johanna (1852-1923), de oudste dochter is gehuwd geweest met Jhr. Mr. Hendrik Barthout van Tets van Goidschalxoord en na diens overlijden met Frederik Juckema van Burmania baron Rengers. Henriëtte Lucia (1853-1938) huwde met Mr. Henri Maarten Anton baron van der Goes van Dirkxland. De jongste dochter Jeanne Louise (1857-1932) is gehuwd met Jhr. Frederik van Reenen. De enige zoon Mr. Johannes Hora Fransen van de Putte, geboren op 16 augustus 1854, is ongehuwd overleden te Zutphen op 11 januari 1907.