De inventarisatie
Wat betreft de inrichting van de inventaris, deze is verdeeld in drie scherp gescheiden afdelingen: in de eerste zijn alle oorspronkelijke stukken, afkomstig van Aitzema, samengebracht, in de tweede zijn uitsluitend aanwezige afschriften van stukken, voor of door Aitzema gemaakt
Dat Aitzema tegen betaling afschriften van in de griffie der Staten-Generaal berustende stukken liet maken, kan blijken uit inv.nr. 52.
, terwijl in een derde afdeling enkele stukken zijn beschreven, die afkomstig zijn uit de boedel van Leo van Aitzema's oom Foppe van Aitzema, en op de een of andere manier onder de papieren van eerstgenoemde zijn terecht gekomen.
Het was verder noodzakelijk aan de inventaris twee bijlagen toe te voegen. Als bijlage 1 is afgedrukt de hiervóór meermalen genoemde inventaris van stukken, behorende tot de verzameling Aitzema van 1669, waarvan een afschrift voorkomt in de Loketkas der Staten-Generaal 'Loopende' 428.
Toegang 1.01.06, inv.nr. 12548.428 (naast blz. 597).
Niet alleen zal het daardoor gemakkelijker vallen mogelijk later nog stukken terecht te brengen, maar het was bovendien noodzakelijk deze inventaris in zijn geheel op te nemen, omdat bij de definitieve regeling van het archief der Staten-Generaal de Loketkas, wat de plaatsing der stukken betreft, in zijn geheel zal worden gelaten. Een groot aantal tot de verzameling Aitzema behorende stukken zijn dus, hoewel in achterstaande inventaris op papier beschreven ter plaatse, waar ze volgens herkomst en aard behoren, wat betreft hun plaatsing in de Loketkas 'Loopende' 428 gelaten. Bij elk nummer, waar dit het geval is, is naar bijlage 1 verwezen, terwijl omgekeerd aldaar is aangegeven, onder welk nummer de betreffende stukken in achterstaande inventaris voorkomen.
Geheel van dezelfde aard is bijlage 2, bevattende een lijst van stukken, die elders in de Loketkas van de Staten-Generaal zijn opgenomen, en die blijkens de er op geplaatste nummers tot de verzameling Aitzema moeten worden gerekend. Uit de hiervóór genoemde resolutie van de Staten-Generaal van 18 juni 1670 waar wordt gesproken van 'originele brieven ende andere stucken, uyt de griffie van Hunne Hoog Mogenden .... gelicht,' moet men opmaken, dat tot de uit de nalatenschap van Aitzema in beslag genomen papieren ook originele aan de Staten-Generaal gerichte brieven behoord hebben. Dergelijke stukken zou men thans in het archief der Staten-Generaal, waaruit ze eertijds ontvreemd waren, moeten laten, terwijl hoogstens in een bijlage 3 van hun aanwezigheid zou kunnen worden melding gemaakt. Voor een toevoeging van een dergelijke bijlage bestond echter geen aanleiding; immers slechts één pak met dergelijke stukken, dat, hoewel niet originele brieven aan de Staten-Generaal, dan toch originele brieven aan een naar dat college gezonden commissie bevat, is aangetroffen. Het is dat, voorkomende onder 'Loopende' 228 en aldaar nader aldus omschreven: 'Stucken raeckende de besendinge van de heeren, jonckheeren, hovelingen ende rechteren van Ooster- ende Westerwarven aen Hunne Hoog Mogenden gedaan in den jare 1639.'
Ten slotte nog een mededeling over een paar stukken, die, hoewel oorspronkelijk tot Aitzema's papieren behorende, in het archief van het Hof van Holland zijn achtergebleven, en ook thans nog daar zijn gelaten. In de hiervóór genoemde remonstrantie van De Heyde van 9 juli 1671 is sprake van enige 'weynige' stukken, ' die onder den vorscreven Hove' zijn gebleven. En inderdaad berusten onder de criminele papieren van het Hof van Holland van 1670 nog enige stukken 'rakende Bootsma ende den resident Aitzema.' Een van deze stukken is het laatste brievenboek van Aitzema, getiteld: 'Journaal van alle voorgevallen staetsche politijcqe als andere saeken van den jare 1668', dat begint met 9 januari van dat jaar en dus direct aansluit bij inv.nr. 13, terwijl het andere een kasboek is, waarin Aitzema van 1653 tot zijn dood zijn uitgaven heeft opgetekend.