Periode 1921-1940
Index 1e afdeling: al door de voorganger, afdeling A geheten, werd een eigen index bijgehouden onder de naam `Aantekeningregister' (afgekort A.R. of R.) en voorzien van klappers en soms van hoofdenlijsten, die zijn bijgebonden. In de kolom `data' werden vermeld de herkomst en datering van het ingekomen stuk en daaronder het verbaal waarin het is opgelegd; in de middelste kolom volgde de korte inhoud en in de rechter kolom verwijzingen naar eerdere of latere behandeling van de zaak. Tot 1917 was het takenpakket van de afdeling erg ruim (nadien beperkt tot justitiële en volkenrechtelijke zaken en de Indische weeskamers) en registreerde men in de index onder meer alle mailrapporten, dus ook die van de andere afdelingen; na 1917 een bepaald deel van deze rapporten.
Index 2e en 3e afdeling: de indices van deze afdelingen, die zich beide bezig hielden met geldwezen, begrotingen en comptabiliteit, zijn gecombineerd. Ze vangen aan in 1921 en bestaan uit losse kaartbladen, ingericht volgens een decimaal code-systeem (in inventarisnummer 477). Met behulp van deze code kan worden gezocht naar een relevant kaartblad, dat men zou kunnen vergelijken met een bladzijde uit een index en waarop wordt verwezen naar data en nummers van beschikkingen of verbalen.
Index 4e afdeling: ook deze afdeling had een breed takenpakket (binnenlands bestuur, landbouw, nijverheid, handel en scheepvaart; vanaf 1925 uitgebreid met de taken van de 5e afdeling: onderwijs, eredienst en volksgezondheid). Ook hier bestaat de index uit een kaartsysteem, waarin tevens de indices van de 5e afdeling 1921-1925 zijn opgenomen. Voor de periode 1921-1929 zijn de kaarten geborgen in alfabetische volgorde, daarna volgens een bepaald registratuurschema. De kaarten zijn in fotokopie raadpleegbaar op de studiezaal.
Index 5e (tot 1927 6e) afdeling: de indices bestaan uit een `Algemeen Register' over 1906-1950 en afzonderlijke indices (de meeste vanaf circa 1908) voor afzonderlijke taakgebieden zoals: burgerlijke openbare werken, mijnwezen, spoor- en tramwegen, PTT, luchtvaart. Vaak zijn de klappers op de indices meegebonden.
Index 6e (tot 1927 7e) afdeling: tot 1924 werden indices aangelegd, die begin 1924 werden vervangen door gerubriceerde agenda's. Ook van de tot 1927 fungerende 8e afdeling (militair personeel) zijn er indices beschikbaar.
Index 7e (tot 1927 10e) afdeling: deze afdeling, belast met West-Indische zaken, hield afzonderlijke kaartsystemen bij voor Suriname en voor Curaçao. Beide kaartsystemen zijn geordend volgens een code, waarop een klapper beschikbaar is.
De indices van de Algemene Secretarie en van andere in 1917 opgerichte afdelingen zijn niet opgenomen in de inventaris.
Onduidelijk is, of deze indices verloren zijn gegaan dan wel niet aangehouden.
De afdelingen hielden vaak ook aparte series agenda's bij, die hier verder onbesproken kunnen blijven. De centrale agenda bleef overigens ook na 1921 gehandhaafd.