Na het overlijden van Gillis Coymans in 1757 werden zijn gezantschapspapieren in twee of drie koffers gelegd en verzegeld. Ze werden door zijn opvolger overgenomen. Het is waarschijnlijk dat dit de normale gang van zaken was tot in het jaar 1810. Uit de tijd van Gillis Coymans is een lijst bewaard gebleven waarin een deel van het legatiearchief wordt beschreven. Ter gelegenheid van de overdracht van het gezantschap aan de Fransen in 1810 werd er wederom een lijst opgemaakt van aanwezige archiefstukken. Deze lijst werd samengesteld door de toenmalige minister plenipotentiaris Pierre Etienne Bourdeaux.
Zie voor genoemde lijsten: ARA, Tweede Afdeling, Legatiearchief Denemarken na 1813, inv. nr. 15A.
Na 1814 werd het legatiearchief volgens rijksarchivaris Bakhuizen van den Brink overgedragen aan het ministerie van Buitenlandse Zaken.
R. Fruin, De Gestie van dr. R.C. Bakhuizen van den Brink als archivaris des rijks, 1854 1865 ('s Gravenhage 1926), pp. 9, 10.
Het ministerie droeg ze vervolgens in 1857 samen met de stukken uit Pruisen en het Turkse Rijk over aan het Rijksarchief. Ook hiervan is een lijst bewaard gebleven.
Zie ARA, Tweede Afdeling, archief Ministerie van Buitenlandse Zaken.
Op het Rijksarchief werden aan het eigenlijke legatiearchief Denemarken stukken toegevoegd afkomstig van de resident en extraordinaris envoyé Robert Goes (1685 1718). Deze stukken maakten oorspronkelijk deel uit van het familiearchief Hop, waarnaar zij nu weer zijn teruggebracht. Hetzelfde geldt voor de papieren van de resident Willem van Assendelft (1727 1729). Deze werden grotendeels door Van Assendelft na het beëindigen van zijn missie mee naar huis genomen en naderhand gevoegd bij zijn als resident te Brussel ontvangen en geschreven stukken. Deze stukken tesamen vormen nu het persoonlijk archief van Willem van Assendelft.